1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220 (2018，IF=28.467).

【研究内容】：该研究开发了一种分离 RNA 结合蛋白的新技术——RICK（Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry）：用EU(ethynyluridine)来标记细胞内的RNA，再将EU生物素化，利用核酸标记，将新合成的RNA标记上生物素，最后通过链霉亲和素偶联的磁珠，分离得到相应被标记RNA分子和与其相结合的蛋白分子，包括非polyA RNA和新生RNA在内的一系列RNA分子及其结合蛋白。RICK将促进对不同细胞和系统中总rnA结合蛋白质组的深入研究。

辉骏提供技术支持：染色质免疫共沉淀（ChIP），RNA免疫共沉淀（RIP）

 

2. Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019，IF=19.40).

【研究内容】：本研究报道了特有囊泡运输调控蛋白FREE1蛋白穿梭入核，在转录水平调控植物ABA信号的全新功能，并揭示了其作用机制。在本研究中，作者发现脱落酸（ABA）处理会导致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修饰并进入细胞核，在细胞核内FREE1蛋白会与ABA信号途径的重要转录因子ABI5等互作并抑制其转录激活活性。其中，为了验证FREE1蛋白中受ABA影响的磷酸化位点，作者用ABA处理样本后，采用IP方法富集了FREE1和FREE1突变体，之后用LC-MS/MS技术检测了FREE1及其突变体的磷酸化位点。

辉骏提供技术支持：IP-MS/MS磷酸化位点检测

 

3. Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018，IF=19.064)

【研究内容】：通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用，发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素，对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用，涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰，从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。

辉骏提供技术支持：免疫共沉淀（Co-IP），染色质免疫共沉淀（ChIP）

 

4. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology(2020，IF=11.059).

【研究内容】：本研究发现了一个长链非编码RNA(LncRNA)——LAMP5-AS1，研究了其与MLL白血病发展和白血病细胞维持干细胞性的功能相关性，通过RNA pull down、FISH等一系列实验证明了LAMP5-AS1与DOT1L甲基转移酶活性的关系，并对LAMP5-AS1干扰/过表达情况下DOT1L下游靶基因的甲基化修饰水平进行了检测。该研究证实了LAMP5-AS1在MLL白血病细胞的自我更新过程和分化阻滞中所起的重要作用，其对维持DOT1L在MLL白血病中的高酶活性具有重要意义，可能成为治疗MLL白血病的一个有价值的靶点。

辉骏提供技术支持：RNA pull down MS结合蛋白鉴定

 

5. Chen S.L. et al: A GYS2/p53 Negative Feedback Loop Restricts Tumor Growth in HBV-Related Hepatocellular Carcinoma. Cancer Research ( 2019，IF=9.727 ).

【研究内容】：糖代谢异常是癌症的突出特征，然而有关糖原调节的异常很少被研究。本研究证明了糖原合成酶2(GYS2)通过p53的负反馈调节环来限制乙肝病毒相关性肝癌的生长。GYS2在HCC中的表达明显下调，并与糖原含量降低和不良患者预后相关。GYS2的低表达可通过调控p53来促进细胞体外增殖和体内肿瘤生长。GYS2与MDM2竞争性结合，阻止MDM2介导的p53泛素化和降解；GYS2还增强了p300诱导的p53蛋白K373/382位点的乙酰化，进而负反馈抑制了HBx/HDAC1复合物支持下的GYS2转录。研究结果提示：GYS2在HCC中作为一个预后因子和肿瘤抑制因子发挥作用，本研究中发现的HBx/GYS2/P53信号通路能够调节糖原代谢，为肝癌的临床治疗提供了一个有前途的治疗靶点。

辉骏提供技术支持：免疫共沉淀（Co-IP），LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

6. Jiang, S. et al: Cholesterol Induces Epithelial-to-Mesenchymal Transition of Prostate Cancer Cells by Suppressing Degradation of EGFR through APMAP. Cancer Research, 79(12):3063-3075 (2019，IF= 9.727 ).

【研究内容】：前期研究发现，胆固醇能够引起前列腺癌细胞中的APMAP和EGFR蛋白在脂筏上积累并促进细胞发生EMT, 并且APMAP通过EGFR起作用，但具体如何作用呢？在本研究中，作者利用Co-IP-MS筛选方法，试图找到APMAP的结合蛋白。当在细胞中过表达APMAP-3*FLAG后，采用flag抗体做Co-IP实验，质谱检测富集到的蛋白成分，并结合生物信息学分析，找到了与APMAP相互作用的蛋白EPS15R；经过一系列基因表达、细胞功能检测，最终验证了APMAP/EPS15R/EGFR通路，即APMAP和EPS15R复合物调控了EGFR蛋白的稳定性，进而影响前列腺癌细胞的EMT。

辉骏提供技术支持：Co-IP-MS/MS，生物信息学分析

 

7. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene (2020，IF=7.971).

【研究内容】：鼻咽癌（NPC）是一种起源于鼻咽腔粘膜的上皮恶性肿瘤，本研究发现LINC01503在NPC中高表达并与不良预后有关，在体外促进NPC细胞的增殖，迁移和侵袭，在体内促进肿瘤的生长和转移。LINC01503募集了富含脯氨酸和谷氨酰的剪接因子胺（SFPQ）来激活Fos like 1（FOSL1）转录，而FOSL1的过表达逆转了LINC01503敲低对NPC进展的抑制作用。此外，雄激素受体（AR）介导的转录激活是NPC细胞中LINC01503过表达以及AR配体依赖性细胞生长、迁移和侵袭的原因。这些发现表明，AR诱导的LINC01503可以通过SFPQ-FOSL1通路促进NPC发展，或成为新的NPC预后标志物和治疗靶标。

辉骏提供技术支持：RNA pull down MS结合蛋白鉴定

 

8. Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids. (2019，IF=5.66).

【研究内容】：miR-181a在白血病特别是慢性粒细胞白血病（CML）中表达下调，并影响疾病发展、耐药性和预后，但其靶基因的分子机制尚不清楚。该文章通过基因芯片，SILAC蛋白组学等方法联合分析，发现PPFIA1是miR-181a的直接靶基因。当敲低细胞中的PPFIA1后，KIT信号分子的磷酸化水平明显下调。另外，CoIP-MS实验发现，PARP1会结合PPFIA1，并通过激活核受体kappa B(NF-kB)-P65的表达而上调KIT蛋白；抑制PPFIA1或PARP1能够下调c-KIT水平，抑制CML细胞生长，并延长小鼠存活期。总的来说，该研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子调节轴，并提出PPFIA1和PARP1可能是潜在的CML治疗靶点。

辉骏提供技术支持：SILAC、Co-IP-MS/MS结合蛋白鉴定

 

9. Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018，IF=19.064)

【研究内容】：通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用，发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素，对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用，涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰，从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。

辉骏提供技术支持：染色质免疫共沉淀（ChIP），LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

10. Bao. X.C. et al: The p53-induced lincRNA-p21 derails somatic cell reprogramming by sustaining H3K9me3 and CpG methylation at pluripotency gene promoters. Cell Research. (2015, IF=13.9)

【研究内容】：本研究探讨了基因间非编码RNA p21 (lincRNA-p21)在体细胞重编程中的作用，发现lincRNA-p21由p53诱导，但在重编程中不能促进细胞凋亡或细胞衰老。RIP和RNA pull down实验发现，lincRNA-p21以HNRNPK依赖的方式与SETDB1和DNMT1相互作用来损害重编程。接着，lincRNA-p21通过维持多能性基因启动子的H3K9me3和/或CpG甲基化来防止重编程。我们的结果对lncRNAs在重编程中的作用提供了新见解，并在p53和异染色质调节之间建立了新的联系。

辉骏提供技术支持：RNA免疫共沉淀（RIP），RNA pull down MS结合蛋白鉴定

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