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高分蛋白文献分析-辉骏生物

人阅读 发布时间:2021-08-19 11:45

1. Bao X.C. et al: Capturing the interactome of newly transcribed RNA. Nature Methods, 15(3): 213–220 (2018,IF=28.467).

【研究内容】:该研究开发了一种分离 RNA 结合蛋白的新技术——RICK(Newly Transcribed RNA interactome using click chemistry):用EU(ethynyluridine)来标记细胞内的RNA,再将EU生物素化,利用核酸标记,将新合成的RNA标记上生物素,最后通过链霉亲和素偶联的磁珠,分离得到相应被标记RNA分子和与其相结合的蛋白分子,包括非polyA RNA和新生RNA在内的一系列RNA分子及其结合蛋白。RICK将促进对不同细胞和系统中总rnA结合蛋白质组的深入研究。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

2. Gao C.J. et al: The plant ESCRT component FREE1 shuttles to the nucleus to attenuate abscisic acid signaling. Nature Plants, 5(5):512-524 (2019,IF=19.40).

【研究内容】:本研究报道了特有囊泡运输调控蛋白FREE1蛋白穿梭入核,在转录水平调控植物ABA信号的全新功能,并揭示了其作用机制。在本研究中,作者发现脱落酸(ABA)处理会导致部分FREE1蛋白被SnRK2蛋白激酶磷酸化修饰并进入细胞核,在细胞核内FREE1蛋白会与ABA信号途径的重要转录因子ABI5等互作并抑制其转录激活活性。其中,为了验证FREE1蛋白中受ABA影响的磷酸化位点,作者用ABA处理样本后,采用IP方法富集了FREE1和FREE1突变体,之后用LC-MS/MS技术检测了FREE1及其突变体的磷酸化位点。

使用相关技术:IP-MS/MS磷酸化位点检测


3. Zhuang Q. et al: NCoR/SMRT co-repressors cooperate with c-MYC to create an epigenetic barrier to somatic cell reprogramming. Nature Cell Biology. (2018,IF=19.064 )

【研究内容】:通过分析转录抑制复合物NCoR/SMRT在不同细胞环境中的作用,发现该抑制复合物作为体细胞重编程中新的限制因素,对重编程因子诱导的相关基因表达调控起了至关重要的抑制作用,涉及的具体机制是该复合物中组蛋白去乙酰化酶HDAC3对目的基因进行了特异性组蛋白去乙酰化修饰,从而导致重编程因子无法有效地激活内源性的多能性基因。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定


4. Li K. et al: Tyrosine kinase Fyn promotes osteoarthritis by activating the β-catenin pathway. Ann Rheum Dis, 0:1–9 (2018,IF=14.299).

【研究内容】:骨关节炎和软骨退变过程中,WNT/β-catenin被激活的机制尚未完全明确,本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术,筛选了年轻(2月龄)和老龄(12月龄)小鼠的蛋白表达差异,并发现一种在老年软骨中强烈上调(12.47倍)的蛋白——酪氨酸激酶Fyn,后续 Western Blot实验和动物实验都证实了这一结果。为了探究Fyn促进骨关节炎发展的机制,作者将免疫沉淀(IP)与蛋白质组学分析相结合,以鉴定软骨原代细胞系ATDC5中的Fyn相互作用蛋白,并在纯化的复合物中发现了β-catenin的肽序列,表明β-catenin潜在的结合伴侣Fyn。最终证明酪氨酸激酶Fyn可以通过激活β-catenin通路促进关节炎。

使用相关技术:iTRAQ蛋白质组学分析

 

5. Huang Y.H. et al: JMJD3 acts in tandem with KLF4 to facilitate reprogramming to pluripotency. Nature Communications (2020,IF = 12.298).

【研究内容】:本研究发现H3K27me3去甲基化酶JMJD3在小鼠重编程中起着双重且相互冲突的作用。一方面,JMJD3诱导促衰老因子Ink4a,并以与重编程因子无关的方式降解多能性调节因子PHF20,损害重编程。另一方面,JMJD3被KLF4特异性招募,以减少上皮/多能性基因增强子和启动子处的H3K27me3;还通过内聚蛋白加载因子NIPBL促进增强子-启动子循环,促进转录延伸,最终促进重编程;该过程依赖于JMJD3的酶活性。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定


6. Wang W.J. et al: Endonuclease G promotes autophagy by suppressing mTOR signaling and activating the DNA damage response. Nature Communications (2021,IF = 12.298).

【研究内容】:本研究发现场线粒体核酸内切酶G(ENDOG)在饥饿期间可以促进自噬。通过对人类细胞系、小鼠、果蝇和秀丽隐杆线虫的实验研究确定了这种自噬在物种间进化上是保守的。饥饿条件下,糖原合成酶激酶3β介导的ENDOG Thr-128和Ser-288处的磷酸化增强了其与14-3-3γ的相互作用,从而导致使Tuberin(TSC 2)和磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基3 (Vps34) 从14-3-3γ中释放,随后抑制mTOR途径和启动自噬。或者,内切酶激活DNA损伤反应,并通过其核酸内切酶活性触发自噬。我们的结果表明,ENETO是自噬的重要调节因子。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

7. Tang W.W. et al: The p300/YY1/miR-500a-5p/HDAC2 signalling axis regulates cell proliferation in human colorectal cancer. Nature Communications (2019,IF = 12.121).

【研究内容】:本研究探讨了microRNA(miRNA)在结直肠癌(CRC)是中的作用,发现CRC组织中miR-500a-5p的低表达与CRC恶性发展相关。在CRC细胞中过表达miR-500a-5p可使其G0/G1期阻滞,抑制其生长和迁移。从机制上讲,miR-500a-5p直接结合HDAC2基因并抑制其介导的裸鼠大肠癌细胞增殖。转录因子YY1与miR-500a-5p的启动子结合并负调控其转录,且miR-500a-5p的水平还受到p300/YY1/HDAC2复合体的协同调控。小鼠模型实验也表明miR-500a-5p表达可显著抑制肿瘤的发展。该研究为结直肠癌治疗提供了新的潜在候选基因。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

8. Yang Y.B. et al: Novel Role of FBXW7 Circular RNA in Repressing Glioma Tumorigenesis. J Natl Cancer Inst (2017,IF=11.238).

【研究内容】:环状RNA(circRNA) 在组织发育、基因调控和癌症发生中起着重要作用,但其是否编码功能蛋白仍不清楚。本研究对胶质母细胞瘤标本及正常脑组织进行了circRNA深度测序,用Northern-blot、Sanger测序、抗体和LC-MS/MS检测证实了circ-FBXW7及其编码蛋白的存在。进一步的功能研究显示circ-FBXW7编码的小肽能抑制癌细胞的增殖和细胞周期加速,其通过拮抗USP28诱导的c-Myc稳定作用降低了c-Myc的半衰期。临床数据表明,circ-FBXW7和FBXW7-185aa对脑癌具有潜在的预后意义。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

9. Wang W.T. et al: The lncRNA LAMP5-AS1 drives leukemia cell stemness by directly modulating DOT1L methyltransferase activity in MLL leukemia. Journal of Hematology & Oncology(2020,IF=11.059).

【研究内容】:本研究发现了一个长链非编码RNA(LncRNA)——LAMP5-AS1,研究了其与MLL白血病发展和白血病细胞维持干细胞性的功能相关性,通过RNA pull down、FISH等一系列实验证明了LAMP5-AS1与DOT1L甲基转移酶活性的关系,并对LAMP5-AS1干扰/过表达情况下DOT1L下游靶基因的甲基化修饰水平进行了检测。该研究证实了LAMP5-AS1在MLL白血病细胞的自我更新过程和分化阻滞中所起的重要作用,其对维持DOT1L在MLL白血病中的高酶活性具有重要意义,可能成为治疗MLL白血病的一个有价值的靶点。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

10. Huang C.Y. et al: UBAP2L arginine methylation by PRMT1 modulates stress granule assembly. Cell Death & Differentiation(2019,IF =10.717).

【研究内容】:本研究探讨了泛素相关蛋白样因子2 (UBAP2L)在应激颗粒(SG)动态调控中的细胞和分子机制,发现UBAP2L蛋白在SG的组装和拆卸中都是必需的。其UBAP2L的RGG (Arg-Gly-Gly)基序介导SG组分(包括mRNP、RBP和核糖体亚基等)的招募;UBAP2L的未知功能域(DUF)与G3BP1/2蛋白相互作用,其缺失导致了UBAP2L和G3BP1/2的胞质-核转运,从而影响SG的形成。蛋白质精氨酸甲基转移酶PRMT1通过靶向RGG基序使UBAP2L不对称二甲基化。精氨酸甲基化的增加抑制了UBAP2L与SG组分的相互作用,且抑制了SG的组装。这些结果为UBAP2L调节SG动力学和RNA代谢的机制提供了新的见解。
使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定


11. He S.W. et al: AR-induced long non-coding RNA LINC01503 facilitates proliferation and metastasis via the SFPQ-FOSL1 axis in nasopharyngeal carcinoma. Oncogene (2020,IF=7.971).

【研究内容】:鼻咽癌(NPC)是一种起源于鼻咽腔粘膜的上皮恶性肿瘤,本研究发现LINC01503在NPC中高表达并与不良预后有关,在体外促进NPC细胞的增殖,迁移和侵袭,在体内促进肿瘤的生长和转移。LINC01503募集了富含脯氨酸和谷氨酰的剪接因子胺(SFPQ)来激活Fos like 1(FOSL1)转录,而FOSL1的过表达逆转了LINC01503敲低对NPC进展的抑制作用。此外,雄激素受体(AR)介导的转录激活是NPC细胞中LINC01503过表达以及AR配体依赖性细胞生长、迁移和侵袭的原因。这些发现表明,AR诱导的LINC01503可以通过SFPQ-FOSL1通路促进NPC发展,或成为新的NPC预后标志物和治疗靶标。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

12. Wu X.S. et al: Ubiquitin-specific protease 3 promotes cell migration and invasion by interacting with and deubiquitinating SUZ12 in gastric cancer. J Exp Clin Cancer Res. (2019,IF= 7.068).

【研究内容】:泛素特异性蛋白酶3 (USP3) 的异常表达可能在肿瘤发展中起重要作用,然而其促进胃癌转移的机制仍然很不清楚。本研究利用iTRAQ蛋白质组学技术鉴定了USP3过表达胃癌细胞与对照细胞之间差异表达的蛋白质,发现SUZ12对于USP3介导的胃癌活性是不可或缺的,USP3结合SUZ12,去泛素化SUZ12并使其稳定。SUZ12敲除抑制USP3诱导的迁移、侵袭和EMT。临床样本检查证实USP3表达与SUZ12蛋白表达呈正相关,USP3或SUZ12蛋白水平与E-cadherin水平呈负相关。这些结果表明USP3-SUZ12信号通路促进胃癌发展。

使用相关技术:iTRAQ蛋白质组学分析

 

13. Xiao Y.Y. et al: A comprehensive investigation of starch degradation process and identification of a transcriptional activator MabHLH6 during banana fruit ripening. Plant Biotechnol J. (2018,IF=6.84).

【研究内容】:本研究探讨了淀粉水果“香蕉”在成熟过程中的淀粉降解机制。首先,研究者从香蕉果实中鉴定得到了38个编码淀粉降解相关蛋白的基因序列,发现在香蕉果实成熟过程中,伴随着淀粉向糖的转化过程,其中27个候选基因的水平显著升高。此外,基于iTRAQ的蛋白质组学实验鉴定了18种与淀粉颗粒表面结合的淀粉降解相关酶,其中10种在成熟过程中显著上调。另外针对MaGWD1启动子的酵母单杂交筛选到了一种转录因子bHLH,电泳迁移率分析、染色质免疫沉淀(ChIP)和瞬时表达实验证实,MabHLH6通过识别启动子中存在的E-box(CANTG)基序,激活11个淀粉降解相关基因的启动子。总之,这些发现表明香蕉果实成熟过程中的淀粉降解可能归因于转录和翻译水平上与淀粉分解相关的许多酶的复杂作用,并且MabHLH6可能通过直接激活一系列淀粉降解相关基因而作为该过程的积极调节者。

使用相关技术:iTRAQ蛋白质组学分析

 

14. Gu C.M. et al: Identification of berberine as a novel drug for the treatment of multiple myeloma via targeting UHRF1. BMC Biology(2020,IF=6.765).

【研究内容】:小檗碱(BBR),一种从几种小檗属药用植物中提取的植物生物碱,具有抗肿瘤作用,包括多发性骨髓瘤,但其作用靶点和抗多发性骨髓瘤的机制仍不清楚。本研究采用蛋白相互作用的方法发现UHRF1是一种BBR结合蛋白,并确定了结合的结构域。BBR通过泛素依赖性蛋白酶体系统诱导UHRF1降解,并重新激活p16INK4A和p73,UHRF1的过表达促进了多发性骨髓瘤细胞的增殖,使细胞对BBR更具抗性。本研究揭开了BBR抗多发性骨髓瘤活性的分子机制,可能为治疗该疾病提供参考。

使用相关技术:LC-MS/MS蛋白质谱鉴定

 

15. Gu C.M. et al: Discovery of the Oncogenic Parp1, a Target of bcr-abl and a Potential Therapeutic, in mir-181a/PPFIA1 Signaling Pathway. Molecular Therapy: Nucleic Acids (2019,IF= 5.66).

【研究内容】:miR-181a在白血病特别是慢性粒细胞白血病(CML)中表达下调,并影响疾病发展、耐药性和预后,但其靶基因的分子机制尚不清楚。该文章通过基因芯片,SILAC蛋白组学等方法联合分析,发现PPFIA1是miR-181a的直接靶基因。当敲低细胞中的PPFIA1后,KIT信号分子的磷酸化水平明显下调。另外,CoIP-MS实验发现,PARP1会结合PPFIA1,并通过激活核受体kappa B(NF-kB)-P65的表达而上调KIT蛋白;抑制PPFIA1或PARP1能够下调c-KIT水平,抑制CML细胞生长,并延长小鼠存活期。总的来说,该研究揭示了miR-181a/PPFIA1/PARP1/NFkB-P65/KIT的分子调节轴,并提出PPFIA1和PARP1可能是潜在的CML治疗靶点。

使用相关技术:稳定同位素标记(SILAC)蛋白质组学分析、Co-IP MS

 

16. Qiu, N. et al. Proteomic analysis of egg white proteins during the early phase of embryonic development. J Proteomics 75, 1895-905 (2012,IF=4.396).

【研究内容】:研究鸡胚发育第一星期内的总体白蛋白的变化以期探明鸡蛋的白蛋白生物学功能。采用蛋白质组学实验技术,发现胚胎发育前后有50个蛋白点(属于8种蛋白质)存在显著丰度变化。数据分析显示这些蛋白质包括卵白蛋白、鸡蛋清、前列腺素D2合成酶、溶菌酶C、卵清蛋白相关蛋白Y等。

使用相关技术:双向电泳(2DE),MALDI-TOF/TOF蛋白质谱鉴定

 

17. Zhao X.J. et al: Proteomic and immunological identification of two new allergens from silkworm(Bombyx mori L.) pupae. Experimental immunology.(2015

【研究内容】:该研究探讨了东亚和东南亚地区传统接受的食物和动物饲料——蚕蛹引起的食物过敏,并通过双向电泳和Western blot(2D-Western blot)技术鉴定了两种新的过敏原。2DE技术分离蚕蛹蛋白质后,采用蚕蛹蛋白过敏患者的混合血清进行Western blot实验,找到蚕蛹蛋白中能引起人过敏反应的特异过敏原。基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)方法进一步鉴定这些过敏原蛋白质。最后,几丁质酶和副肌球蛋白表现出较强的免疫球蛋白结合反应。利用过敏原线数据库对两种蛋白质的序列同源性分析表明,几丁质酶和副肌球蛋白分别与已知的过敏原粉尘螨和屋尘螨具有24.8%和62.8%的序列同源性。这一结果有助于理解和治疗蚕蛹过敏。

使用相关技术:2D-Western blot蛋白分析



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